Struktura organizacyjna Instytutu ustalona jest przez Regulamin Organizacyjny Narodowego Centrum Badań Jądrowych.

Organami Instytutu są:

1. Dyrektor — stanowisko to piastuje prof. dr hab. inż. Krzysztof Kurek,
2. Rada Naukowa — funkcję Przewodniczącego Rady Naukowej Narodowego Centrum Badań Jądrowych pełni prof. dr hab. Tomasz Matulewicz. Skład Rady Naukowej kadencji 2021-2025 podany jest pod adresem: https://www.ncbj.gov.pl/rada-naukowa

Kompetencje organów Instytutu określa Statut i ustawy.