Struktura organizacyjna Instytutu ustalona jest przez Regulamin Organizacyjny Narodowego Centrum Badań Jądrowych.

Organami Instytutu są:

1. Dyrektor; stanowisko to piastuje prof. dr hab. inż. Krzysztof Kurek,
2. Rada Naukowa; funkcję Przewodniczącego Rady Naukowej Narodowego Centrum Badań Jądrowych pełni prof. dr hab. Tomasz Matulewicz, a skład Rady Naukowej kadencji 2017-2021 podany jest pod adresem https://www.ncbj.gov.pl/pl/o-nas/rada-naukowa

Kompetencje organów Instytutu określa Statut i ustawy.